В этой эпической научно-фантастической истории мы переносимся в далекое будущее, где знакомый нам герой Коннор МакЛауд снова оказывается в центре событий. После своей победы в первой части, он обнаруживает, что бессмертие не защищает от старения и новых угроз. Мировая экосистема находится на грани уничтожения, и Земля окутана защитным куполом, воздвигнутым для обеспечения выживания последних представителей человечества. Но даже в таких условиях зло не спит, и теперь оно принимает форму
Джо Армстронг, молодой и загадочный рядовой в армии США, оказывается на филиппинском острове, где его жизнь принимает неожиданный поворот. Обычная миссия по охране военного конвоя превращается в смертельное столкновение с таинственными преступниками. В разгар битвы Джо обнаруживает в себе уникальные навыки ниндзюцу, о существовании которых он и не подозревал. Эти внезапно проявившиеся способности вызывают у его товарищей по отряду и командира подозрения и недоверие. Однако это только начало.